Jiří Matzner (Matzner & Vítek Legal)
Zákony a právo  |  14.04.2026 15:00:23

Do kdy může finanční úřad provést daňovou kontrolu

Jaká platí pravidla pro zahájení daňové kontroly z hlediska časovosti? Od jakého okamžiku může finanční úřad daňový subjekt kontrolovat ve vztahu k určitému daňovému období a existuje určitý milník, do kdy tak nejpozději může učinit? Odpovědi na otázky týkající se tzv. lhůty pro stanovení daně, která s tímto tématem úzce souvisí, nalezneme v zákoně č. 280/2009 Sb., daňovém řádu, v platném znění (dále jen „Daňový řád“). Pojďme si je postupně projít a objasnit.

Otázka, v jaké lhůtě může finanční úřad provést u daňového subjektu finanční kontrolu, souvisí s tzv. lhůtou pro stanovení daně, která v základní podobě činí 3 roky. Po jejím uplynutím už není možné daň stanovit a tím pádem ani zahájit daňovou kontrolu. Pokud tedy finanční úřad zamýšlí kontrolu zahájit, musí tak učinit ještě před uplynutím lhůty pro stanovení daně. V opačném případě by již nebylo možné daň platně stanovit (např. daň doměřit). Zákon nicméně pracuje s celou řadou situací, při nichž se tato lhůta prodlužuje, po určitou dobu neběží nebo naopak začíná běžet znovu. V důsledku těchto událostí se skutečný časový prostor pro zahájení daňové kontroly může podstatně lišit od základních 3 let.

Stanovení počátku běhu lhůty

Klíčem k pochopení správného fungování lhůty pro stanovení daně je schopnost přesně určit počátek jejího běhu. Finanční úřady totiž mívají v oblibě finanční kontroly zahajovat těsně před uplynutím lhůty pro stanovení daně. Proto pokud daňový subjekt dobře zná okolnosti běhu této lhůty, může být schopen se před zahájením kontroly „na poslední chvíli“ mnohem lépe bránit.

V každém případě, lhůta pro stanovení daně začíná běžet dnem, kdy uplynula lhůta pro podání řádného daňového přiznání nebo dnem, kdy se daň stala splatnou (pokud současně nevznikla povinnost podat řádné daňové přiznání k takové dani). Daňové přiznání se podává nejpozději do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období (tj. zpravidla do 31.3. roku následujícího po uplynutí zdaňovacího období). Lhůta pro stanovení daně tak mnohdy začíná běžet od 1.4. roku následujícího po uplynutí zdaňovacího období – opět s určitými odchylkami.

Například pokud daňové přiznání nebylo podáno do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období a poté bylo podáno elektronicky (např. prostřednictvím datové schránky či portálu www.mojedane.cz), prodlužuje se lhůta pro podání řádného daňového přiznání na 4 měsíce. Nebo pokud daňové přiznání nebylo podáno do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období a následně daňové přiznání podal poradce, prodlužuje se lhůta pro podání řádného daňového přiznání na 6 měsíců. V těchto případech začne tříletá lhůta pro stanovení daně běžet až od 2.5. (resp. od 1.7.) roku následujícího po uplynutí zdaňovacího období.

Kdy se běh lhůty prodlužuje?

Podle Daňového řádu se lhůta pro stanovení daně prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty došlo a) k podání dodatečného daňového přiznání nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového přiznání, pokud tato výzva vedla k doměření daně, b) k oznámení rozhodnutí o stanovení daně (popř. o prohlášení nicotnosti takového rozhodnutí), nebo c) k vybraným úkonům týkajícím se opravných a dozorčích prostředků.

Podstatou prodloužení lhůty pro stanovení daně je zabránit tomu, aby v samém závěru lhůty došlo k významnému procesnímu úkonu a správce daně či daňový subjekt už neměli dostatek času na jeho promítnutí do stanovení daně. V praxi to znamená, že původně tříletá lhůta se automaticky prodlouží o další rok, pokud v jejím závěru (tj. v posledních 12 měsících před jejím uplynutím) nastane některá ze zákonem předvídaných situací. Finanční úřad tím může získat dostatečný časový prostor pro dokončení svého postupu směřujícího například k doměření daně.

Je však potřeba zdůraznit, že ani prodlužování této lhůty není neomezené. Podle zákona totiž lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku. Tato desetiletá objektivní hranice představuje maximum, po jehož překročení už daň zpravidla stanovit nelze. Z hlediska právní jistoty daňového subjektu jde o velmi důležitý milník bránící tomu, aby možnost daňové kontroly a hrozba případného doměření daně zůstávala otevřená neomezeně dlouho.

Kdy lhůta neběží?

Vedle prodloužení zákon pamatuje i na případy, kdy lhůta pro stanovení daně po určitou dobu neběží a její běh se přerušuje. Taková situace nastává například v případě, kdy je ve věci stanovení daně vedeno řízení před správním soudem či Ústavním soudem. Lhůta se staví i po dobu vedení trestního stíhání pro daňový trestný čin související s předmětnou daní. Praktický význam pravidel upravujících přerušení běhu lhůty pro stanovení daně je zcela zásadní. Pokud totiž dojde k zahájení příslušného soudního řízení nebo trestního stíhání, jenž lhůtu pozastaví, může se celková lhůta prodloužit i o několik dalších let, s čímž je nutné počítat. Z pohledu daňového subjektu je proto vždy nutné zkoumat nejen samotný počátek lhůty, ale i to, zda během jejího běhu nenastaly okolnosti, které její běh na určitou dobu přerušily.

Kdy začíná běžet znovu?

Zvláštní význam má pravidlo, podle kterého lhůta pro stanovení daně začíná běžet znovu. K tomu dochází, pokud byla před uplynutím dosavadní lhůty zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové přiznání nebo byla daňovému subjektu oznámena výzva k podání řádného daňového přiznání. Od okamžiku takovéhoto úkonu se totiž tříletá lhůta rozbíhá znovu. Zde je nutné si uvědomit, že zahájení daňové kontroly má mimořádně silný účinek, jelikož běh lhůty tzv. resetuje. Pokud je tedy daňová kontrola zahájena včas (tj. před uplynutím původní lhůty pro stanovení daně), otevře se tím finančnímu úřadu možnost kontrolu provést a daň stanovit v nové tříleté lhůtě. Finanční úřad tím získá potřebný čas k provedení všech kontrolních úkonů, vyhodnocení svých zjištění i k případnému doměření daně.

Závěr

Odpověď na otázku, do kdy finanční úřad může u daňového subjektu provést daňovou kontrolu, není tak jednoduchá, jak by se na první pohled mohl zdát. Tuto lhůtu totiž zpravidla nelze stanovit pouhým mechanickým odpočtem tří let, ale je nutné vždy pečlivě posoudit počátek jejího běhu i to, zda ve věci nenastaly zákonem předvídané skutečnosti, které by běh lhůty prodloužily, pozastavily nebo úplně obnovily. 

JUDr. Jiří Matzner, Ph.D., LLM., zakladatel advokátní kanceláře Matzner & Vítek

Matzner & Vítek

Advokátní kancelář Matzner & Vítek se sídlem v Praze byla založena v roce 2024 spojením advokátní kanceláře Matzner Legal JUDr. Jiřího Matznera, Ph.D., LL.M. a advokátního týmu JUDr. Jindřicha Vítka, Ph.D. Tým 40 odborníků se specializuje především na poskytování komplexních služeb v oblasti práva v IT, trestního práva, autorského práva, fúzí a akvizic, veřejných zakázek a práva ve stavebnictví a logistice. Dále se věnuje také právu realit, právnímu poradenství start-upům a dalším právním oblastem.

Více informaci na: www.matznervitek.legal

17.04. 17:32  děkuji za článek a vysvětlení (Jirka94535)
15.04. 10:50  děkuji za článek a vysvětlení (Safranek)
Diskuse je uzavřena

Daně a daňová přiznání - informace, termíny, formuláře



Více zpráv k tématu Daně







?

Zobrazit sloupec 

Kalkulačka - Výpočet

Výpočet čisté mzdy

Důchodová kalkulačka

Přídavky na dítě

Příspěvek na bydlení

Rodičovský příspěvek

Životní minimum

Hypoteční kalkulačka

Povinné ručení

Banky a Bankomaty

Úrokové sazby, Hypotéky

Směnárny - Euro, Dolar

Práce - Volná místa

Úřad práce, Mzda, Platy

Dávky a příspěvky

Nemocenská, Porodné

Podpora v nezaměstnanosti

Důchody

Investice

Burza - ČEZ

Dluhopisy, Podílové fondy

Ekonomika - HDP, Mzdy

Kryptoměny - Bitcoin, Ethereum

Drahé kovy

Zlato, Investiční zlato, Stříbro

Ropa - PHM, Benzín, Nafta, Nafta v Evropě

Podnikání

Města a obce, PSČ

Katastr nemovitostí

Katastrální úřady

Ochranné známky

Občanský zákoník

Zákoník práce

Stavební zákon

Daně, formuláře

Další odkazy

Auto - Cena, Spolehlivost

Registr vozidel - Technický průkaz, eTechničák

Finanční katalog

Volby, Mapa webu

English version

Czech currency

Prague stock exchange


Ochrana dat, Cookies

Vyloučení odpovědnosti

Copyright © 2000 - 2026

Kurzy.cz, spol. s r.o., AliaWeb, spol. s r.o.

ISSN 1801-8688