Do kdy může finanční úřad provést daňovou kontrolu
Jaká platí pravidla pro zahájení daňové kontroly z hlediska časovosti? Od jakého okamžiku může finanční úřad daňový subjekt kontrolovat ve vztahu k určitému daňovému období a existuje určitý milník, do kdy tak nejpozději může učinit? Odpovědi na otázky týkající se tzv. lhůty pro stanovení daně, která s tímto tématem úzce souvisí, nalezneme v zákoně č. 280/2009 Sb., daňovém řádu, v platném znění (dále jen „Daňový řád“). Pojďme si je postupně projít a objasnit.
Otázka, v jaké lhůtě může finanční úřad provést u daňového subjektu finanční kontrolu, souvisí s tzv. lhůtou pro stanovení daně, která v základní podobě činí 3 roky. Po jejím uplynutím už není možné daň stanovit a tím pádem ani zahájit daňovou kontrolu. Pokud tedy finanční úřad zamýšlí kontrolu zahájit, musí tak učinit ještě před uplynutím lhůty pro stanovení daně. V opačném případě by již nebylo možné daň platně stanovit (např. daň doměřit). Zákon nicméně pracuje s celou řadou situací, při nichž se tato lhůta prodlužuje, po určitou dobu neběží nebo naopak začíná běžet znovu. V důsledku těchto událostí se skutečný časový prostor pro zahájení daňové kontroly může podstatně lišit od základních 3 let.
Stanovení počátku běhu lhůty
Klíčem k pochopení správného fungování lhůty pro stanovení daně je schopnost přesně určit počátek jejího běhu. Finanční úřady totiž mívají v oblibě finanční kontroly zahajovat těsně před uplynutím lhůty pro stanovení daně. Proto pokud daňový subjekt dobře zná okolnosti běhu této lhůty, může být schopen se před zahájením kontroly „na poslední chvíli“ mnohem lépe bránit.
V každém případě, lhůta pro stanovení daně začíná běžet dnem, kdy uplynula lhůta pro podání řádného daňového přiznání nebo dnem, kdy se daň stala splatnou (pokud současně nevznikla povinnost podat řádné daňové přiznání k takové dani). Daňové přiznání se podává nejpozději do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období (tj. zpravidla do 31.3. roku následujícího po uplynutí zdaňovacího období). Lhůta pro stanovení daně tak mnohdy začíná běžet od 1.4. roku následujícího po uplynutí zdaňovacího období – opět s určitými odchylkami.
Například pokud daňové přiznání nebylo podáno do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období a poté bylo podáno elektronicky (např. prostřednictvím datové schránky či portálu www.mojedane.cz), prodlužuje se lhůta pro podání řádného daňového přiznání na 4 měsíce. Nebo pokud daňové přiznání nebylo podáno do 3 měsíců po uplynutí zdaňovacího období a následně daňové přiznání podal poradce, prodlužuje se lhůta pro podání řádného daňového přiznání na 6 měsíců. V těchto případech začne tříletá lhůta pro stanovení daně běžet až od 2.5. (resp. od 1.7.) roku následujícího po uplynutí zdaňovacího období.
Kdy se běh lhůty prodlužuje?
Podle Daňového řádu se lhůta pro stanovení daně prodlužuje o 1 rok, pokud v posledních 12 měsících před uplynutím dosavadní lhůty došlo a) k podání dodatečného daňového přiznání nebo oznámení výzvy k podání dodatečného daňového přiznání, pokud tato výzva vedla k doměření daně, b) k oznámení rozhodnutí o stanovení daně (popř. o prohlášení nicotnosti takového rozhodnutí), nebo c) k vybraným úkonům týkajícím se opravných a dozorčích prostředků.
Podstatou prodloužení lhůty pro stanovení daně je zabránit tomu, aby v samém závěru lhůty došlo k významnému procesnímu úkonu a správce daně či daňový subjekt už neměli dostatek času na jeho promítnutí do stanovení daně. V praxi to znamená, že původně tříletá lhůta se automaticky prodlouží o další rok, pokud v jejím závěru (tj. v posledních 12 měsících před jejím uplynutím) nastane některá ze zákonem předvídaných situací. Finanční úřad tím může získat dostatečný časový prostor pro dokončení svého postupu směřujícího například k doměření daně.
Je však potřeba zdůraznit, že ani prodlužování této lhůty není neomezené. Podle zákona totiž lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku. Tato desetiletá objektivní hranice představuje maximum, po jehož překročení už daň zpravidla stanovit nelze. Z hlediska právní jistoty daňového subjektu jde o velmi důležitý milník bránící tomu, aby možnost daňové kontroly a hrozba případného doměření daně zůstávala otevřená neomezeně dlouho.
Kdy lhůta neběží?
Vedle prodloužení zákon pamatuje i na případy, kdy lhůta pro stanovení daně po určitou dobu neběží a její běh se přerušuje. Taková situace nastává například v případě, kdy je ve věci stanovení daně vedeno řízení před správním soudem či Ústavním soudem. Lhůta se staví i po dobu vedení trestního stíhání pro daňový trestný čin související s předmětnou daní. Praktický význam pravidel upravujících přerušení běhu lhůty pro stanovení daně je zcela zásadní. Pokud totiž dojde k zahájení příslušného soudního řízení nebo trestního stíhání, jenž lhůtu pozastaví, může se celková lhůta prodloužit i o několik dalších let, s čímž je nutné počítat. Z pohledu daňového subjektu je proto vždy nutné zkoumat nejen samotný počátek lhůty, ale i to, zda během jejího běhu nenastaly okolnosti, které její běh na určitou dobu přerušily.
Kdy začíná běžet znovu?
Zvláštní význam má pravidlo, podle kterého lhůta pro stanovení daně začíná běžet znovu. K tomu dochází, pokud byla před uplynutím dosavadní lhůty zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové přiznání nebo byla daňovému subjektu oznámena výzva k podání řádného daňového přiznání. Od okamžiku takovéhoto úkonu se totiž tříletá lhůta rozbíhá znovu. Zde je nutné si uvědomit, že zahájení daňové kontroly má mimořádně silný účinek, jelikož běh lhůty tzv. resetuje. Pokud je tedy daňová kontrola zahájena včas (tj. před uplynutím původní lhůty pro stanovení daně), otevře se tím finančnímu úřadu možnost kontrolu provést a daň stanovit v nové tříleté lhůtě. Finanční úřad tím získá potřebný čas k provedení všech kontrolních úkonů, vyhodnocení svých zjištění i k případnému doměření daně.
Závěr
Odpověď na otázku, do kdy finanční úřad může u daňového subjektu provést daňovou kontrolu, není tak jednoduchá, jak by se na první pohled mohl zdát. Tuto lhůtu totiž zpravidla nelze stanovit pouhým mechanickým odpočtem tří let, ale je nutné vždy pečlivě posoudit počátek jejího běhu i to, zda ve věci nenastaly zákonem předvídané skutečnosti, které by běh lhůty prodloužily, pozastavily nebo úplně obnovily.
JUDr. Jiří Matzner, Ph.D., LLM., zakladatel advokátní kanceláře Matzner & Vítek
Matzner & Vítek
Advokátní kancelář Matzner & Vítek se sídlem v Praze byla založena v roce 2024 spojením advokátní kanceláře Matzner Legal JUDr. Jiřího Matznera, Ph.D., LL.M. a advokátního týmu JUDr. Jindřicha Vítka, Ph.D. Tým 40 odborníků se specializuje především na poskytování komplexních služeb v oblasti práva v IT, trestního práva, autorského práva, fúzí a akvizic, veřejných zakázek a práva ve stavebnictví a logistice. Dále se věnuje také právu realit, právnímu poradenství start-upům a dalším právním oblastem.
Více informaci na: www.matznervitek.legal
Daně a daňová přiznání - informace, termíny, formuláře
Více zpráv k tématu Daně
Poslední zprávy z rubriky Zákony a právo:
Přečtěte si také:
Příbuzné stránky
- Daňové přiznání k dani z příjmů fyzických osob 2019 včetně změn kvůli koronaviru
- DIČ - Daňové identifikační číslo, ověření DIČ firem a osob
- Vyhledání daňového identifikační čísla (DIČ) fyzické osoby
- Starobní důchod - kdy a kolik
- Kdy do důchodu?
- Kdy můžete do předčasného důchodu a o kolik peněz přijdete?
- Úřad práce - nabídky práce, úřady práce
- Předčíslí bankovních účtů finančních úřadů pro placení daní v roce 2020
- Forex trading online - investice do EUR/USD a ostatních měn
- Katastr nemovitostí - nahlížení do katastru nemovitostí online
- Důchodová kalkulačka - odchod do důchodu
- Třídění hmotného majetku do odpisových skupin, Příl.1 - Zákon o daních z příjmů č. 586/1992 Sb.
Prezentace
10.08.2026 Jak si užít letní zahradu i během…
04.08.2026 CFD – jak obchodovat bezpečně a s přehledem
30.07.2026 V nejistých trzích roste zájem o CFD.
Okénko investora

Jakub Petruška, Zlaťáky.cz
Oživení zlatého býka: zlato na začátku srpna vystoupalo na více než sedmitýdenní maximum

Tomáš Bára, Crypto4me
Bitcoin míří do bankovních aplikací. Banky před ním přitom dál varují

Petr Lajsek, Purple Trading
Cena ropy padá! Kdy se to promítne do cen nafty a benzínu? A proč nyní čerpací stanice nezlevňují?

Miroslav Novák, Citfin
Japonská centrální banka intervencemi posílila jen. Ale na jak dlouho?

Olívia Lacenová, Wonderinterest Trading Ltd.
Letní výprodej zlata pokračuje: Příležitost k nákupu za dobrou cenu?

Mgr. Timur Barotov, BHS

Jiří Cimpel, Cimpel & Partneři
Okénko pro podnikatele

Jakub Nečas, ZOXO Financial
Drahá chyba podnikatelů při výběru půjčky. Jak se rozhodnout mezi provozním a investičním úvěrem

Týna Kaucká, Software602
Všimli jste si? Formuláře na úřadech najednou vypadají skoro stejně. Tohle je důvod
Okénko finanční rady

Jiří Sýkora, Swiss Life Select
Swiss Life Hypoindex srpen 2026: Hypotéky zdražují popáté v řadě a sazby jsou nejvýše za dva roky

Martin Ždímal, RIXO.cz

Petr Špirit, Bidli
Česká ekonomika míří k oživení, inflace zůstává opět blízko cíle ČNB

Miren Memiševič, Skupina Klik.cz
Vlny veder mění spotřebu elektřiny. Pro peněženku rozhoduje, kdy běží klimatizace

Tomáš Vrňák, Ušetřeno.cz

Iva Grácová, Bezvafinance
Finanční gramotnost Čechů roste. Přesto si většina lidí neumí odpovědět na jednu důležitou otázku

Jakub Olšanský, O2 Czech Republic
Mobilní data na dovolené mimo EU: Proč se vyplatí neomezený roamingový balíček

Michal Tuček, BNP Paribas Cardif Pojišťovna
Dovolená začíná už při rezervaci. Jak bezpečně nakupovat ubytování, dopravu i vstupenky online

Lukáš Kaňok, Kalkulátor.cz
